L’église a été réaménagée après la construction de l’église protestante.
Son clocher date de 1590. Il a été surélevé d’un étage à la fin du XIXe siècle.
Au XIIe siècle, une chapelle se trouvait déjà à cet emplacement.
En 1287, Munster se dote de remparts et de portes. L’église Saint-Léger est alors située hors des murs, en face de la porte basse.
En 1553, elle devient église protestante. Les rares familles catholiques se rendent alors à l’église abbatiale.
De 1569 à 1574, de vives querelles opposent l’abbaye, dirigée par l’abbé Henri de Jestetten, et la communauté d’habitants.
En 1575, le traité de Kientzheim consacre officiellement l’église au culte luthérien.
En 1686, après la révocation de l’édit de Nantes par Louis XIV, le chœur revient aux catholiques. L’église devient alors simultanée.
Cette cohabitation crée de nombreux conflits. Le bâtiment est petit et vétuste, ce qui accentue les tensions.
Le 1er janvier 1874, la situation prend fin. Les protestants disposent désormais de leur propre église.
Jusqu’en 1791, Saint-Léger était entourée d’un cimetière.